Havacılık Bilimleri Yüksek Lisans programı disiplinler arası bir program olarak düzenlenmiştir. Havacılık sektörüne yönelik üç disiplini temel almaktadır. Bunlar Havacılık Teknolojisi ve Mühendisliği, Havacılık Yönetimi ile Profesyonel Pilotluk disiplinleridir. Kabul edilen öğrenciler havacılığa yönelik ortak derslerin yanı sıra bu üç disiplinden birine ait seçmeli dersleri alarak programı tamamlayabilirler. Programa havacılık mühendisliği, havacılık yönetimi ve profesyonel pilotluk anabilim dalları ortak olarak katılım sağlarlar;
- Havacılık Yönetimi (Aviation Management) Programı;havayolları, havaalanları, yer hizmeti işletmelerinin gerek yönetim gerekse diğer işletme fonksiyonlarında iyileştirme ve geliştirmeyi başarabilecek kuramsal ve pratik bilgiye sahip deneyimli ve bilgili mezunlar yetiştirmenin yanında, ileri düzeyde bilimsel çalışmalara ve araştırmalara da katkıda bulunabilecek, havacılık alanında deneyimli yöneticiler ve eğiticiler yetiştirmeyi,
- Havacılık Teknolojileri ve Mühendisliği (Aviation Technology and Engineering) Programı;aerodinamik, itki, yapı ve malzeme, uçuş ve yörünge dinamiği, hava ve uzay vasıtalarının kontrolü alanlarında öğrencilere araştırma ve geliştirme yeteneği kazandırmayı,
- Profesyonel Pilotluk (Professional Pilot) Programı;teknolojik gelişmelere ayak uydurabilecek, havacılıkta yeni bilgileri kullanabilecek ve sektörün gelişimine katkı sağlayabilecek bilgi ve vasıflara sahip ve havacılık işletmelerinde üst düzey yöneticilik yapabilecek nitelikte pilotların yetiştirilmesini amaçlamaktadır.